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1.聖殿騎士團妄圖通過控制人類來拯救世界，十字軍東征也是為了這個目的。他們和老對手阿薩辛（刺客組織）爭鬥了上千年。

2.刺客兄弟會則為了人類的自由而持續抗爭。其中的著名人物包括里昂那多·達·芬奇，馬克·波羅，喬治·華盛頓等等。但是相比聖殿騎士，他們勢力和人手都相對不足。

3.在一切發生之前，第一文明（史前外星人社會）曾經奴役過人類，依靠的是神器“伊甸園碎片”。

4.一絲不掛的亞當和夏娃取得了“伊甸園碎片（也就是果實）”，從第一文明中解救了人類，當時人類技術落後，打敗外星人全靠人數優勢。

5.阿薩辛和聖殿騎士都為了爭奪伊甸園果實展開鬥爭，人類的歷史就是這樣形成的。

6.在現代，聖殿騎士建立了Abstergo公司來實現他們的目標。該公司表面上是世界最大的跨國公司，並且發明了探索人類祖先記憶的機器Animus。他們通過Animus在全球搜尋伊甸園果實，並且準備在2012年12月21日發射“Abstergo之眼”衛星，那個日子是預言中的災難之日

7.與此同時，刺客兄弟會也在暗中行動。他們也擁有自己的Animus，甚至發明了能從祖先學習技能的Animus2.0

8.2000年，刺客組織的首領被Abstergo的人刺殺，整個組織開始陷入困境。

9.丹尼爾·克洛斯是聖殿騎士現任的首領，他訓練了很多刺客，還在抓住了主角Desmond Miles。

10.刺客組織的最後希望都落在了主角Desmond·Miles身上。他的基因和“第一文明”有關係，被聖殿騎士抓住以實現自己的目的。

11.不過在Abstergo抓住Desmond的時候，他還沒有發現自己的潛力。

12.Abstergo利用Animus來搜尋Desmond祖先的記憶，第一個祖先便是Altair。

13.結果Lucy，Shaun和Rebecca協助Desmond逃了出來。來到了新的隱藏地點，並且使用Animus2.0來阻止聖殿騎士。

14.同時，Desmond還在Animus裡幫助了上一個Abstergo的受害者：實驗對象16號。他是亞當的後代，在機器中註入了自己的記憶。

15.到目前為止，Desmond已經經歷了兩位祖先了，Altair和Ezio。

16.他因此找到了伊甸園的果實，還和“第一文明”中的外星人Juno對話。

Juno警告他即將來臨的災難，並指出他們的隊伍裡有叛徒。

17.在接觸到伊甸園的果實後，Desmond殺死了最好的朋友Lucy，並陷入了昏迷。

18.不過一切OK，因為Lucy是雙重間諜，她其實是聖殿騎士的人。

19.在Animus中，昏迷的Demond在16號對象的幫助下找回了記憶，已經準備好拯救世界了。

20.聖殿騎士準備在2012年12月21日把伊甸園果實發射向太空，以此控制全球人類的思維。

21.但是Desmond已經和“第一文明”對話，知道了阻止聖殿騎士陰謀的辦法。接下來的故事，讓我們一起期待吧。